Trong tám năm, Rugwabiza làm việc cho công ty đa quốc gia Thụy Sĩ Hoffmann-La Roche, đầu tiên là người đứng đầu bộ phận phát triển thương mại và tiếp thị cho Trung Phi tại Yaoundé và sau đó là giám đốc khu vực tại Bờ Biển Ngà.[3] Cô trở lại Kigali vào năm 1997 để điều hành công ty riêng của mình, Synergy Group.[2][3]

Năm 2002, Rugwabiza được bổ nhiệm làm đại sứ của Rwanda tại Thụy Sĩ và Đại diện thường trực tại Văn phòng LHQ tại Geneva, phục vụ trong ba năm.[3][4]

Từ năm 2005 đến 2013, Rugwabiza là Phó Tổng Giám đốc Tổ chức Thương mại Thế giới,[1] người phụ nữ đầu tiên giữ vị trí này.[2] Cô là thành viên sáng lập của Liên đoàn khu vực tư nhân Rwanda, Tổ chức nữ doanh nhân Rwanda và Caucus của các nhà lãnh đạo phụ nữ Rumani.[4][5]

Rugwabiza là Giám đốc điều hành của Ban phát triển Rwanda từ 2013-2014.[6] Bà từng là Bộ trưởng Cộng đồng Đông Phi từ 2014 đến 2016.[1] Năm 2015, cô được mệnh danh là một trong "50 người phụ nữ quyền lực ở Châu Phi" của Jeune Afrique.[7]

Rugwabiza được Tổng thống Paul Kagame bổ nhiệm làm Đại diện thường trực của Rwanda tại Liên Hợp Quốc vào tháng 11 năm 2016.[1][8] Cô vẫn là thành viên của Nội các Rwanda [1] và là thành viên của Hội đồng Lập pháp Đông Phi với nhiệm kỳ năm năm từ 2012 đến tháng 6 năm 2017.[9]